Присоединение и освоение Сибири были начаты с 1581 года при московском царе Иоанне Васильевиче Грозном, который, под влиянием просветительных идей святителя Макария, митрополита Московского, преследовал цель покорить восточные пределы не столько силой оружия, сколько благодатной силой христианского просвещения.
Православные русские миссионеры продвигались на вновь осваиваемые Российским государством территории в Сибири вместе с продвижением на них русского военного и гражданского населения. Строились остроги-крепости и в них - часовни, а затем церкви. Образовывались деревни и на несколько деревень строилась церковь.
Территория современной Хакасии осваивалась Российским государством в продолжение всего XVII века. В 1707 г. император Петр I распорядился основать первый на Хакасско-Минусинской территории казачий Абаканский караульный острог в непосредственной близости с Хакасией на противоположном берегу р. Енисей (напротив с. Абакано-Перевоз Боградского района). В это время были определены внешние границы вошедшей в состав Российского государства Хакасии. Тува была принята в состав России в 1914 г.
Территория нынешней Абаканской и Кызылской епархии в разное время входила в состав следующих епархий:
первоначально - в состав Сибирской и Тобольской епархии (основана в 1620 г. при Святейшем Патриархе Филарете);
с 1820-х гг. была приписана к новообразованной Иркутской епархии;
в 1834 г. - целиком вошла в состав Томско-Енисейской епархии;
с 1861 г. с выделением в самостоятельную Енисейской и Красноярской епархии из состава Томско-Енисейской - принадлежала Енисейской и Красноярской епархии;
с 1923 по 1937 гг. с открытием Минусинской и Усинской епархии - большей частью входила в ее состав;
с 1937 г. - вошла в состав Красноярской и Енисейской епархии;
с 1945 г., со времени возобновления церковной жизни единственного на территории епархии Никольского прихода, вошла в Новосибирскую и Барнаульскую епархии;